主体功能区即各地区所具有的、代表该地区的核心功能。各个地区因为核心（主体）功能的不同，相互分工协作，共同富裕、共同发展。核心（主体）功能是自身资源环境条件、社会经济基础所决定的，也是更高层级的区域所赋予的。

主体功能不同，区域类型就会有差异。大致可分为以提供工业品和服务产品为主体功能的城市化地区，以提供农产品为主体功能的农业地区，以提供生态产品为主体功能的生态地区等。